Yang dimaksud dengan seleksi indeks adalah sustu seleksi
yang dilakukan berdasarkan penilaian seluruh prilaku ternak tersebut yang
digabung (disebut total score atau indeks).seperti diketahui nilai atau batasan
karakter dari ternak pada umumnya mempunyai kisaran tertentu, dari yang amat
jelek hingga yang amat baik. Dengan adanya system indeks, suatu prilaku yang
kurang baik dapat dikompensasi dengan yang baik selama perilaku tersebut tidak
bersifat fatal dan penggabungan angka dari peilaku-peilaku karakter tersebut
dinamakan indeks.
Seleksi ini dapat mengatasi kekurangan dua metode
sebelumnya. Pada seleksi ini, diperlukan nilai ekonomis relatif, penduga ragam
fenotipe, ragam fenotipe, serta kedua peragam genotipe dan fenotipe untuk
memperoleh nilai-nilai hubungan indeksnya. Hanya individu yang berindeks
tertinggi yang dipilih untuk diteruskan ke generasi-generasi seleksi
selanjutnya. Batas minimum untuk tiap sifat adalah saling bebas. Jadi
individu-individu yang mungkin harus dibuang menurut metode simultan mungkin
masih bisa dipergunakan dalam metode seleksi indeks. Contoh :Indeks : b1X1 +
b2X2 + b3X3 + b4X4 + … + bnXndi mana x adalah karakter, koefisien b ditentukan
oleh nilai korelasi dan nilai ekonomi relatif.
Kelebihan indeks seleksi yaitu bahwa nilai pemuliaan dapat
ditingkatkan melalui nilai intensitas seleksi untuk sifat masing-masing
individu dan berat lahir yang diperoleh beragam, sedangkan kekurangannya yaitu
tenaga dan biaya yang digunakan besar.